В статье рассматриваются вопросы анализа инновационной деятельности малых предприятий, с фокусом на выборе оптимального подхода для оценки инновационного индекса малого предприятия. Исследование направлено на разработку модели, которая позволяет сопоставить инновационный индекс предприятия с базовыми показателями по региону его расположения, используя данные, доступные в открытом доступе. В качестве исходных данных для расчета инновационного индекса используются показатели деятельности инновационных предприятий в России, которые берутся из статистики Росстата. Оценка позволяет определить, какое место занимает предприятие в контексте региональной инновационной активности. Особое внимание уделено выбору метода для многокритериальной оценки, и в качестве основного метода выбран метод Topsis, выбор которого будет обоснован в статье. Также приводится обзор альтернативных методов мультикритериальной оценки, таких как метод анализа иерархий (AHP), метод взвешенных сумм, метод ФУЗЗИ и другие. Проводится оценка их преимуществ и недостатков в контексте применения к инновационной деятельности предприятий. В статье также рассматривается опыт западных стран в использовании методов мультикритериальной оценки для оценки инновационных индексов. Показаны отличия в подходах, которые применяются в странах ЕС и США, и проведен сравнительный анализ с российскими методами. Результаты исследования могут быть полезны для разработчиков национальных и региональных инновационных стратегий, кредитных организаций, НКО и венчурных инвесторов, финансирующих МИП, а также для менеджмента предприятий, стремящегося оптимизировать стратегию инновационной деятельности.