Проведено сравнение проектного и процессного подходов к управлению научным сектором. Рассмотрена классификация проектов с точки зрения их масштаба, финансовые инструменты поддержки научных исследований, нормативно-правовая база для реализации проектного подхода, интересы участников системы организации научных исследований с точки зрения их заинтересованности в проектном варианте управления наукой.Показано, что проектный и процессный подходы к управлению не являются антагонистами и система управления наукой должна их объединять. В то же время отмечается отсутствие инфраструктуры для организации крупных научно-технических проектов, опыта организации такой деятельности у большинства участников системы управления и реализации научными исследованиями, заинтересованности большинства участников в проектном подходе.Организация крупных комплексных научно-технических проектов не может быть профинансирована так же, как финансируется формирование малых и средних проектов, для организации крупных комплексных проектов требуется более высокий уровень организации управления, который отсутствует в настоящее время.