В статье показано, что действующая система федеральных органов исполнительной власти, будучи абстрактной категорией, претворяется в жизнь лишь посредством функционирования конкретной структуры этих органов. Как совокупность реальных субъектов, данная структура материализует заложенную в системе федеральных органов исполнительной власти управленческую стратегию, которая, однако, не ьвозникает хаотично, а формируется в процессе развития системы органов и их соответствующей структуры. Рассмотрена динамика построения системы и структуры центральных исполнительных органов в СССР и федеральных органов исполнительной власти в Российской Федерации. Проанализированы достоинства и недостатки соответствующих систем и структур, существовавших в постсоветской России до 2004 г., а также действующих в настоящее время. Исследованы информационные проблемы современной модели федеральных исполнительных органов, виды и особенности свойственных ей каналов связи. Утверждается, что характер информационных связей между элементами системной структуры определяет степень устойчивости самой структуры и, как следствие, всего механизма государственного управления, т. е. вероятность их сохранения или разрушения. Сделан вывод, что значение структуры федеральных органов исполнительной власти состоит не только в оптимизации управленческой деятельности, но и в формировании такой конфигурации каналов информационной связи в конкретной системе исполнительных органов, которая создает устойчивость функционирования всего механизма государственного управления.