В современных условиях развития экономики предъявляются всё более важные требования к учётной, производственной, финансовой системам организации. Учётный процесс считается одним из наиболее сложных, он зависит от отраслевой специфики, постоянно меняющегося законодательства, а также высокой степени государственного регулирования. В условиях отдельных кризисных явлений в экономике страны и в международной экономике возникает необходимость обоснования теоретико-методических аспектов формирования и функционирования учётно-контрольной системы в рамках механизма управления организацией. Появляется потребность в рассмотрении действующих механизмов учётно-контрольной системы, которые помогут получить управленческому персоналу организации достоверную информацию о внешней и внутренней среде финансово-хозяйственной деятельности компании. Рассмотренные в статье концепции формирования учётно-контрольной системы позволяют судить об уровне обеспечения экономической безопасности организации, входящем в основу составных базовых элементов организации деятельности. Целью исследования является разработка средств повышения экономической безопасности фирмы при реализации учётных и контрольных функций организации. Методология исследования основывается на научном поиске, системном анализе и логическом моделировании процессов и явлений, графическом построении и формировании предположений и гипотез. В результате проведённого анализа предложен перечень превентивных мер, предупреждающих угрозы экономической безопасности системы. Показаны направления совершенствования учётно-контрольной среды посредством дополненной системы классификации угроз экономической безопасности с учётом выделения функциональных целей и структурных элементов учётно-контрольной системы. Рассмотренные мероприятия обеспечат адаптацию учётно-контрольной системы к условиям функционирования во внутренней и внешней среде, позволят учитывать специфические риски в зависимости от вида деятельности организации, повлияют на эффективность и актуальность принимаемых управленческих решений.