Представлены результаты лабораторных исследований качества воды нецентрализованного водоснабжения Белгородской и Воронежской области. По результатам их оценки на основании гидрохимического и микробиологического мониторинга, а также анализа данных водного реестра, установлено несоблюдение гигиенических нормативов по санитарно-химическим и микробиологических показателям на территории двух областей примерно в половине исследуемых мест. Для Белгородской области: в 30 % проб превышены значения общего микробного числа, в 70 % проб превышено содержание колиморфных бактерий, в 50 % превышены значения общей токсичности. Для Воронежской области: в 75 % проб превышено значение коли-индекса, в 20 % проб превышены значения общего микробного числа. При этом основной причиной несоответствия источников централизованного водоснабжения санитарно-эпидемиологическим требованиям является отсутствие зон санитарной охраны. Выявленные факты загрязнения подземных водоносных горизонтов свидетельствуют о потенциальной опасности для населения регионов и необходимости совершенствования системы гидроэкологического мониторинга и охраны вод.