Актуальность. Статья посвящена Обнинской агломерации, которая имеет уникальное пограничное положение. Административно она расположенная на северо-востоке Калужской области, но является составной частью Московской агломерации. Научная проблема. Дискуссионность понятия «агломерация второго порядка» была спровоцирована публикацией проекта концепции «Стратегии пространственного развития РФ до 2025 года», где под данным термином понимаются агломерации с численностью населения менее 1 млн чел. Проанализирована терминологическая путаница, продемонстрирована роль агломерации второго порядка в процессе пространственной диффузии инноваций. Методы. Методологическую основу исследования составили общенаучные методы: метод анализа документов и статистических данных в совокупности с расчетами авторов, наблюдение и сбор фактов из официальных источников, сравнение и обобщение, метод системного анализа. Научные результаты. Показано, что агломерации второго порядка наряду с функциями логистических центров могут быть зонами опережающего инновационного развития регионов и выполнять функции взаимодействия между производством, наукой и образованием в процессе пространственной диффузии нововведений. Определены основные каналы реализации инновационного потенциала Калужской области (институты проектирования и развития, инновационные проекты, инновационная агломерация) в процессе передачи московских инноваций, их плотность в пограничных регионах. Обоснован современный процесс изменение тенденций расселения и поведения человека в пространстве, предложены новые институты и механизмы развития территорий инновационного развития. Выводы. В настоящее время процесс диффузии инноваций приводит к формированию зоны инновационной активности агломераций второго порядка на территории юго-западного сегмента Московской агломерации, на пересечении «новой Москвы» и северо-востока Калужской области.