Целью исследования является развитие методологии оценки эффективности в системе здравоохранения с учетом сложных современных социально-экономических условий. При этом учтено, что проблема повышения эффективности функционирования субъектов системы здравоохранения имеет глобальное значение для российского государства и населения, поэтому ее необходимо рассматривать не только с позиций отраслевого менеджмента, но и с позиций всех заинтересованных сторон с акцентом на потребителях медицинских услуг. В обобщенном виде эффективность в отрасли представляет собой соотношение результата с затратами по его достижению, причем результат может выражаться в виде: экономического результата - дохода организации; медицинского результата - уровня сохранения здоровья человека, продолжительность жизни; общественного результата - численность трудоспособного населения. В качестве элементов научной новизны выступают следующие положения: 1) разграничение понятий медицинской, социальной, целевой, бюджетной и экономической эффективности; 2) базирование методических разработок на гипотезе о целесообразности сведения оценки эффективности в здравоохранении к оценке использования различных видов ресурсов и процессов их использования в связи с невозможностью прямого измерения результатов функционирования отраслевых организаций и особой социальной роли отрасли; 3) обоснование внедрения концепции обеспечения эффективности в здравоохранении на основе системы принципов (принцип комплексности, принцип многомерности, принцип полисубъектности); 4) формирование двухвариантной методики группировки показателей по видам эффективности (медицинская, социальная, экономическая) и группировки показателей по разделам: процессы; финансы; заинтересованные стороны; инфраструктура / сотрудники; потенциал и развитие; 5) разработка методики расчета Индекса целевой эффективности организаций здравоохранения как обобщенного показателя.