Распространение глобальных университетских рейтингов как инструмента оценки научной деятельности требует критического осмысления, учитывая нарастающий объем методологических возражений и замечаний и их потенциально деструктивное влияние на академические системы. Цель настоящего исследования заключается в комплексном анализе присущих рейтингам проблем и оценке актуальных альтернатив в контексте формирования научно-технологической политики. На основе систематического обзора англоязычных и русскоязычных академических и серых источников выявлены устойчивые методологические несовершенства: недостаточная прозрачность алгоритмов расчета, ограниченная применимость библиометрических данных для оценки социально-гуманитарных направлений, субъективность весовых коэффициентов агрегированных индексов, неспособность адекватно отразить качество образовательного процесса и управленческую эффективность. Установлено, что рейтинги, опирающиеся на интегральный показатель, в принципе непригодны для оценки организаций вследствие фундаментальных методологических ограничений; рейтинги без применения интегрального показателя, основанные на прозрачной и воспроизводимой методологии с открытым доступом к исходным данным, могут использоваться для аналитических целей при строгом учете присущих количественным метрикам ограничений. Обоснована целесообразность перехода к моделям оценки, основанным на миссии университета. Значимость работы определяется разработкой научно обоснованной позиции, актуальной для реформирования систем оценки исследований в России и странах БРИКС, и аргументацией в пользу интеграции науковедческих подходов в практику научно-технологического прогнозирования и управления.