В статье на основании рассмотрения наиболее широко распространенных методов оценки капиталовложений вскрываются наиболее существенные методологические проблемы в этой важнейшей области, являющейся основой воспроизводства экономических систем. В статье также приводится краткая теоретическая характеристика капиталовложений. Делается вывод, что на данный момент причиной методологических проблем в оценке капиталовложений является не разрешенный полностью вопрос из области фундаментальной экономической теории о природе капитала. Автор обращает внимание на то, что детально проработанные в научных статьях, диссертациях и других работах методики оценки капиталовложений для конкретных условий хозяйствования отдельных отраслевых экономических систем не получают научного обобщения и взвешенной оценки экономического сообщества. Фактически это означает, что не существует проверенных и используемых многими исследователями и практиками методик. Показывается неправомерность полного отождествления процесса инвестирования, оценки проектов и собственно капиталовложений предприятий. Отмечается существующий в теории и практике работы с инвестициями разрыв между финансовой и технологической эффективностью. На примере российской отрасли передачи электрической энергии автор показывает, насколько могут быть неприменимы общие методы оценки капиталовложений в зависимости от конкретных отраслевых условий, как теоретические и методологические проблемы на практике превращаются в отсутствие инструментария для принятия решений. В завершение на основании рассмотрения диспропорций в механизме оценки осуществления и регулирования капиталовложений обнажается еще один фундаментальный вопрос теории - подход к конфликту интересов и регулированию естественных монополий как к некооперативной игре. Обосновывается необходимость изменения такого подхода.