Проблема обеспечения достойного уровня заработной платы работников, занятых в малых формах хозяйствования аграрного сектора экономики России, остается одной из актуальных. Рассмотрены особенности организации оплаты труда наемных работников в фермерском секторе агропромышленного комплекса. На примере Саратовской области выполнен анализ данных, отражающих уровень среднемесячной заработной платы работников, занятых в крестьянских (фермерских) хозяйствах и у индивидуальных предпринимателей, в том числе в сравнении с другими видами экономической деятельности. Установлено, что несмотря на положительную тенденцию роста номинальной заработной платы, во многих фермерских хозяйствах ее размер по-прежнему не соответствует справедливому уровню оценки трудового вклада соответствующего наемного работника в конечные результаты деятельности хозяйствующего субъекта. Изучена фактически сложившаяся типичная для фермерских хозяйств структура фонда оплаты труда с позиции материального стимулирования наемных работников. Выявлено, что из-за высокой конкуренции на рынке труда на уровень заработной платы в фермерских хозяйствах влияет численность наемных работников. На основе результатов проведенной группировки фермерских хозяйств региона определен оптимальный норматив удельного веса расходов на оплату труда в их доходах, который могут использовать работодатели при разработке мероприятий по совершенствованию систем оплаты и материального стимулирования труда своих работников. Предложена методика формирования фонда оплаты труда наемных работников в зависимости от размера получаемого дохода К(Ф)Х или ИП, применение которой позволит обеспечить более достойный уровень заработной платы и повысить производительность труда наемных работников в данных категориях хозяйств. Даются рекомендации наряду с основной оплатой разрабатывать и дополнительно применять эффективные механизмы материального стимулирования и премирования.