Комплексный и разноуровневый характер правового регулирования обусловливает сложности правоприменения при разрешении дел по спорам, возникающим из договоров о целевом обучении. Помимо отраслевой квалификации договорной конструкции, существует ряд взаимосвязанных с нею проблем — определение срока исковой давности, подсудности спора, правовой квалификации и применения мер ответственности (в частности, штрафа, выплачиваемого образовательной организации). Автор поддерживает точку зрения о сходстве договора о целевом обучении с ученическим договором, но вместе с тем указывает на то, что новая модель ответственности по договору о целевом обучении, с одной стороны, является предпосылкой дифференциации обозначенных договоров, а с другой — свидетельствует о проявлении не свойственного ни гражданскому, ни трудовому праву публично-правового начала, выражающегося в установлении ответственности за нарушение договорного обязательства перед третьим лицом — образовательной организацией. Автор указывает также на неопределенность правовой квалификации срока выплаты штрафа в связи с неисполнением обязательства по трудоустройству и предлагает считать его предпосылкой права на иск в материально-правовом смысле.