Данная работа продолжает серию статей, посвященных молекулярно-генетическому анализу широко распространенных гельминтов – цестод рода Mesocestoides, паразитирующих (на стадии метацестоды) у мелких млекопитающих. В этой работе мы изучаем генетическое разнообразие Mesocestoides spp. от микромаммалий Дальнего Востока России на примере гена cytb. Впервые у Mesocestoides spp., паразитирующих у хозяев разных родов и видов, обитающих в этом регионе, выявлен полиморфизм нуклеотидной последовательности гена цитохрома b и аминокислотной последовательности кодируемого полипептида. Были выявлены два вида Mesocestoides spp., не относящиеся к генетически подтвержденным видам рода. Один из них обнаружен только у Micromys minutus (Pallas, 1771), добытого в районе села Георгиевка Хабаровского края. Второй вид представлен девятью особями из географически далеких локаций, у которых обнаружено две генетические сублинии и 11 нуклеотидных различий в последовательности гена cytb. Индексы молекулярного разнообразия показывают высокий уровень полиморфизма нуклеотидной последовательности этого гена в генофонде изученного вида Mesocestoides sp. Кроме того, было установлено наличие трех изоформ полипептида цитохрома b. Анализ аминокислотных замен в этих изоформах полипептида и в полипептиде из образца от M. minutus также указывает на принадлежность последнего к отдельному виду.